Entre as principais misións que ten a Santa Casa desde a súa fundación é atender o enterro dos Irmáns. Estes son soterrados cunha tradición secular única en Galicia e posiblemente en toda España.

Acompañando o cadaleito do confrade falecido vai unha representación da Irmandade formada polo Cabido, que porta a cruz da Irmandade, e polos irmáns que o desexen ataviados co traxe de confrades. A capela da Misericordia adoita ser utilizada como sala de velorio se así o decide a familia do finado, práctica tamén admitida ós que non pertencen á Irmandade.

Unha das tradicións que aínda se manteñen é a de avisar con repetidos toques de campá o pasamento dun irmán, ocorrese ou non en Baiona. Deste xeito, todo o pobo era, e é, informado da morte dun irmán residente ou emigrante con trece toques de campá para os homes e doce para as mulleres.