Entre as principais missões que tem a Santa Casa desde a sua fundação é atender ao sepultamento dos irmãos. Estes são enterrados com uma tradição secular única na Galiza e possivelmente em toda a Espanha.

Acompanhando o cadáver do Confrade falecido vai uma representação da irmandade formada pelo Capítulo que carrega a Cruz da irmandade e pelos irmãos que o desejem ataviados com o fato de confrades. A capela da Misericórdia costuma ser utilizada como sala de velório se assim o decidir a família do falecido, prática também admitida a quem não pertença à irmandade.

Uma das tradições seculares que ainda se mantém é a de avisar com repetidos toques de sino o falecimento de um Irmão, tenha ou não ocorrido em Baiona. Desta maneira, todo o povo era, e é, informado da morte de um Irmão residente ou emigrante com treze toques de sino para os homens e doze para as mulheres.