Parmi les principales missions de la Santa Casa depuis sa fondation se trouve celle d’ensevelir les Confrères. Ils sont enterrés avec une tradition séculaire unique en Galice et possiblement en Espagne.

Accompagnant les dépouilles mortelles du Confrère décédés va une représentation de la Confrérie formée par le Cabilde qui porte la Croix de la Confrérie et par les Confrères qui le désirent habillés avec un costume de confrères. La Chapelle de la Miséricorde est normalement utilisée comme salle de veillée funèbre si la famille du mort le décide, pratique admise aussi à ceux qui n’appartiennent pas à la Confrérie.

Une des traditions séculaires qui reste encore est celle d'avertir par le biais de coup de cloche le décès d'un Confrère, quand ça s'est produit à Bayonne au autre part. De cette façon, toute la population était, et est, informée de la mort d’un Confrère résident ou émigrant par treize coup de cloche pour les hommes et douze pour les femmes.