Até ao ano de 1656 a capela encontrava-se dentro do recinto da fortaleza militar de Monte Real mas naquela data o Capitão General da Galiza, Don Vicente Gonzaga, ordenou o seu traslado para fora do recinto da fortaleza por conveniência de serviço, reedificando-se na sua actual localização no centro antigo de Baiona e fazendo parte do importante conjunto histórico da vila, declarado de "Interesse Histórico e Artístico" pela Junta da Galiza no dia 1 de Março de 1993.

A capela, que pertence em património a la Hermandad de la Santa Casa de Paz e Misericórdia, está localizada entre as ruas Lorenzo de la Carrera, Diego Carmona e a Praça do Concelho. Integrada no conjunto histórico, nos seus arredores encontra-se o Convento das Madres Dominicanas (S. XVII), a Casa dos Correa (S. XVII) – sede do Concelho de Baiona – e a Casa do Perdão ou Casa de Ceta, do século XVI.

A Capela da Misericórdia é uma igreja de planta rectangular, de aspecto simples e austero e construção robusta, com dois contrafortes em ambos os lados. O seu interior alberga o património mais valioso, no qual se destaca o seu altar principal de estilo barroco e duas mais nos laterais que datam da mesma época.

Existe um Cristo Crucificado de grande tamanho, cuja cruz é oca. Conta-se que nos tempos em que o envio de ouro procedente do Novo Mundo era proibido sob penas severíssimas, esta veio do México cheia de moedas de ouro, como devoto donativo dos baioneses residentes naquela colónia, que mandaram a importância da reconstrução da capela na sua actual localização. Desta maneira também se evitava o roubo do ouro por parte dos corsários ingleses de origem protestante, que respeitavam as imagens de Cristo mas destruíam as Virgens e os Santos.

A pintura que se encontra no Retábulo Maior – de autor desconhecido – é de inícios do século XVII e junto à imagem dão ao conjunto um aspecto tridimensional. Este Cristo Crucificado é levado num dos Passos da Semana Santa.

Para além disso, a capela possui numerosas imagens, entre as que se destacam a del Cristo de dos faróis – como representação do Cristo Lacerado num dos Passos da Semana Santa –, o Cristo de la Caniña que representa ao Ecce Homo (Passo da Semana Santa), a Simón de Cirene ajudando a Nosso Senhor transportar a cruz (Passo de S.S.), à Virgen de los Dolores (Passo da S.S.) e também imagens de Santiago Apóstolo a cavalo, Santa Isabel (Rainha de Portugal) e Santa Lucía, una representação das Angustias, o Cristo de Ouro e à Imaculada Concepção.

Todas estas imagens se encontram em bom estado de conservação após vários restauros, prestando especial cuidado a todas aquelas que são transportadas nas procissões.