Jusqu’à 1656 la chapelle se trouvait dans l’enceinte de la forteresse militaire de Monte Real mais à cette date le Capitan Général de Galice, Monsieur Vicente Gonzaga, a ordonné de la déplacer en dehors de l’enceinte de la forteresse par convenance du service, et elle a été bâtie à nouveau dans son localisation actuelle dans le centre historique de la ville, déclaré d’"Intérêt Historique et Artistique" par la Xunta de Galice le 1er mars 1993.
La Chapelle, qui appartient au patrimoine de la Confrérie de la Santa Casa de Paz y Misericordia, est située entre les rues Lorenzo de la Carrera, Diego Carmona et la Place de la Mairie. Intégrée dans l'ensemble historique, dans ses environs se trouve le Couvent des Sœurs Dominiques (S. XVII), la Casa de los Correa (S. XVII) –siège de l’Hôtel de Ville de Bayonne– et la Casa del Perdón ou Casa de Ceta, du XVIeme siècle.
La Chapelle de la Miséricorde est une église de plante rectangulaire, d’aspect simple et sobre et constructions robuste, avec deux contreforts à chaque côté. Son intérieur abrite le patrimoine plus précieux, parmi lequel ressort le maître-autel de style baroque et deux autres dans les latéraux qui datent de la même époque.
Il existe un Christ Crucifié très grand, dont la croix est creuse. On dit que à l’époque où l’envoi d’or en provenance de Nouveau Monde était interdit et sévèrement punit, elle est venue du Mexique chargé de monnaies d'or, en guise de don des habitantes de Bayonne résidents dans cette colonie-la, qui ont apporté le montant de la reconstruction de la chapelle dans sa nouvelle localisation. On évitait aussi le vol d’or de part de corsaires anglais d’origine protestante, qui respectaient les images de Christ mais détruisaient les Vierges et les Saints.
La peinture qui se trouve sur le Maître-Autel –dont l’auteur est inconnu– date de début du XVIIeme siècle et confère à l’ensemble un aspect tridimensionnel. Ce Christ Crucifié est porté dans un des Pasos de la Semaine Sainte.
En plus, la Chapelle possède de nombreuses images, parmi lesquelles ressortent celle du Christ des Réverbères –comme représentation du Christ Lacéré dans un des Pasos de la Semaine Sainte–, le Christ de la Caniña qui représente l’Ecce Homo (Paso de Semaine Sainte), Simón de Cirene aidant à Notre Seigneur à transporter la croix (Paso de S.S.), la Vierge des Douleurs (Paso de S.S.) et aussi des images de Saint Jacques Apôtre à cheval, Sainte Isabelle (Reine de Portugal) et Sainte Lucía, une représentation des Angustias, le Christ de l’Or et l’Immaculé Conception.
Toutes ces images se trouvent en bon état de conservation après plusieurs restaurations, faisant très attention à toutes celles qui sont transportées dans les processions.
