Ao quinto dia do mês de Abril do ano do Senhor de 1574, reunidos altos membros da milícia, o comércio e a sociedade da Vila de Baiona por iniciativa do Capitão Rodrigo García, destacado militar da Guarnição de Monte Real, nascia a Irmandade da Confraria de "Nossa Senhora a Madre de Deus Virgem Maria da Misericórdia", segundo reza o documento da fundação e com a autorização expressa de S.M. o Rei Felipe II. Ao constituir-se, esta Irmandade era similar à fundada em Lisboa pela Rainha dona Leonor, esposa do rei de Portugal João II, de onde se adoptaram os estatutos e o nome.

A irmandade da Santa Casa nasceu invocando a Rainha Santa Isabel, Rainha de Portugal, cuja imagem se conserva no retábulo maior da capela.

Tal como noutras importantes cidades e vilas do Reino, existiam em Baiona diversas Confrarias e Grémios: São Telmo, Espírito Santo, Virgem do Cármen, Almas... e também a do Corpo Santo, a mais importante e numerosa, concedida por vários Sumos Pontífices e à qual pertenciam todos os marinheiros da vila. Mas desde o ano de 1864 todas foram abolidas e a única que se salvou, ignorando-se os motivos, foi esta que conhecemos quotidianamente com o nome de "Santa Casa". Por essa razão, no ano de 1999 a irmandade da Santa Casa de Paz e Misericórdia, cumpriu o seu 425 aniversário, sendo a mais antiga da Galiza e uma das de mais longa tradição de toda a Espanha.

Mas que feitos motivaram destacadas personalidades da vila de Baiona a fundar esta irmandade no século VXI?

Durante a segunda metade do século XVI Baiona constituía o ponto defensivo mais importante do Reino da Galiza. A fortaleza de Monterreal era um bastião defensivo fundamental da monarquia que ostentava Felipe II, não apenas nas guerras contra os portugueses mas também na contenção dos ataques dos corsários ingleses. A frota do pirata Francis Drake é derrotada em 1585 – ao tentar desembarcar em Baiona – pela guarnição militar de Monterreal, comandada por D. Diego Sarmiento de Acuña, Conde de Gondomar. A Real Vila sofreu além disso o ataque do exército português e uma terrível peste negra, feitos que dizimaram consideravelmente a população, criando um importante problema social. Neste marco de penúrias contínuas cria-se a "Hermandad de la Santa Casa" para buscar paliativos aos problemas dos vizinhos de Baiona, já que os "Irmãos Confrades" tinham por obrigação cumprir as Obras de Misericórdia, especialmente uma delas: enterrar aos vizinhos mortos e a qualquer forasteiro que falecesse na vila.

Internamente era presidida por um "Provedor" e de acordo com o que constava no Regulamento: "Será homem honrado, de autoridade, boa fama, hábitos humildes e sofrido". A este cargo principal seguiam-se outros nove conselheiros, um Escrivão e dois Mordomos. A eleição efectuava-se no dia 4 de Julho de cada ano, festa de Santa Isabel, Rainha de Portugal, prestando os eleitos juramento sobre os Santos Evangelhos ao Escrivão. Os cargos dos dois Mordomos elegiam-se no último domingo de cada mês para actuar durante o mês seguinte.

Nos escritos e documentos da época figura que no ano de 1591 esta Irmandade assiste a Ana Gómez, vizinha de Baiona, no seu penoso êxtase de ser julgada, condenada e executada pela Inquisição – representada pela Ordem dos Dominicanos (que posteriormente fundariam o Convento de clausura da vila) – acusada de bruxaria, num dos capítulos mais horrendos desse período.

Posteriormente e durante as guerras religiosas e pela conquista da Irlanda, entre anglicanos ingleses e católicos irlandeses e escoceses nos finais do século XVI, a Irmandade ajudou e deu abrigo aos exilados que fugiam, instalando-se muitos deles em Baiona, vila que mantinha estreitos vínculos comerciais e marítimos com portos de Inglaterra, Irlanda e França.

Um destes refugiados foi Robert Poore sacerdote irlandês nascido em Cathford e morto em Baiona em 1595, cumprindo este religioso uma das aspirações mais ansiadas por qualquer emigrante: ser enterrado por baixo de terra do seu país, feito e que se cumpriu ao ser sepultado sob uma lápide de basalto negro procedente da própria Irlanda e com um epitáfio que reza “SA DE ROBERTO POORRE SACERDOTE IRLANDÉS DE GATAFOR DA l DE POPORSEL VZº DESTA VILLA 1595” e que ainda hoje se conserva.

A Irmandade da Santa Casa de Paz e Misericórdia foi também a encarregada de realizar, desde a sua fundação, as procissões de Semana Santa na Vila, das quais ainda perduram a Procissão dos Passos de Quinta-feira Santa e o Santo Enterro, na Sexta-feira Santa.

Entre os feitos narráveis da história moderna da Santa Casa destaca a concessão por parte do Concelho de Baiona da "Medalha de Ouro" da Vila em "...reconhecimento da sua importância na história da Vila de Baiona, os seus feitos ao serviço do povo, a sua importância cultural, os seus méritos na restauração e cuidado do seu património artístico e cultural, a importância para o sector turístico da vila e o bem-fazer durante os seus séculos de história."