No quinto día do mes de abril do ano do Señor de 1574, reunidos altos membros da milicia, o comercio e a sociedade da Vila de Baiona a iniciativa do Capitán Rodrigo García, destacado militar da Guarnición de Monte Real, nacía a Irmandade da Confraría de "A nosa Señora a Nai de Deus Virxe María da Misericordia", segundo reza no documento fundacional e coa autorización expresa de S.M. o Rei Felipe II. Ao constituírse, esta Irmandade era similar á fundada en Lisboa por Réinaa Dona Leonor, esposa do Rei de Portugal Juan II, de onde se adoptaron os seus estatutos e nome.

A Irmandade da Santa Casa naceu invocando a Santa Isabel, Raíña de Portugal, cuxa imaxe se conserva no retablo maior da capela.

Do mesmo xeito que noutras importantes cidades e vilas do Reino, existían en Baiona diversas Confrarías e Gremios: San Telmo, Espírito Santo, Virxe da Carmen, Ánimas... e tamén a do Corpo Santo, a máis importante e numerosa, concedida por varios Sumos Pontífices e á cal pertencían todos os mareantes da vila. Pero desde o ano 1864 todas quedaron abolidas e a única que se salvou, ignorándose os motivos, foi esta que coñecemos cotidianamente co nome de "Santa Casa".

Por iso, o ano 1999 a Irmandade da Santa Casa de Paz e Misericordia cumpriu o seu 425 aniversario, sendo a máis antiga de Galicia e unha das de máis longa tradición de toda España.

Pero ¿cales foron os feitos que motivaron a destacadas personalidades da vila de Baiona a fundar esta Irmandade no século XVI?.

Durante a segunda metade do século XVI Baiona constituía o punto defensivo máis importante do Reino de Galicia. A fortaleza de Monterreal era un bastión defensivo fundamental da monarquía que ostentaba Felipe II, non só nas guerras contra os portugueses senón tamén na contención dos ataques dos corsarios ingleses. A frota do pirata Francis Drake é derrotada en 1585 ao tentar desembarcar en Baiona pola guarnición militar de Monterreal, comandada por D. Diego Sarmiento de Acuña, Conde de Gondomar. A Real Vila sufriu ademais o ataque do exército portugués e unha terrible peste negra, feitos que diezmaron considerablemente á poboación, creando un importante problema social. Neste marco de penurias continuas créase a "Irmandade da Santa Casa" para buscar paliativos aos problemas dos veciños de Baiona, xa que os "Irmáns Confrades" tiñan como obrigación cumprir as Obras de Misericordia, especialmente una delas: enterrar aos veciños mortos e a calquera forasteiro que falecese na vila.

Internamente estaba presidida por un "Provedor" e segundo dicía o Regulamento: "será home honrado, de autoridade, boa fama, hábitos humildes e sufrido". A este cargo principal seguíanlle outro nove conselleiros, un Escribano e dous Mordomos. A elección efectuábase o 4 de xullo de cada ano, festa de Santa Isabel, Raíña de Portugal, prestando o elixidos xuramento sobre os Santos Evanxeos ao Escribano. Os cargos dos dous Mordomos elixíanse o último domingo de cada mes para actuar durante o mes seguinte.

Nos escritos e documentos da época figura que no ano de 1591 esta Irmandade agarraches a Ana Gómez, veciña de Baiona, no seu penoso transo de ser xulgada, condenada e executada pola Inquisición ?representada pola Orde dos Dominicos (que posteriormente fundarían o Convento de clausura da vila)? acusada de bruxaría, nun dos capítulos máis horrendos dese período.

Posteriormente e durante as guerras relixiosas e pola conquista de Irlanda, entre anglicanos ingleses e católicos irlandeses e escoceses a finais do século XVI, a Irmandade axudou e deu acubillo aos exiliados que fuxían, instalándose moitos deles en Baiona, vila que mantiña estreitos vínculos comerciais e marítimos con portos de Inglaterra, Irlanda e Francia.

Un destes refuxiados foi Robert Poore sacerdote irlandés nado en Cathford e morto en Baiona en 1595, cumprindo este relixioso un dos anhelos máis ansiados por calquera emigrante: ser enterrado baixo terra do seu país, feito que se cumpriu ao ser sepulto baixo unha lápida de basalto negro procedente da propia Irlanda e cun epitafio que reza "SA DE ROBERTO POORRE SACERDOTE IRLANDÉS DE GATAFOR DÁ l DE POPORSEL VZº DESTA VILA 1595" e que aínda se conserva.

A Irmandade da Santa Casa de Paz e Misericordia foi tamén a encargada de realizar, desde a súa fundación, as procesións de Semana Santa na Vila, das que aínda perduran a Procesión dos Pasos do Xoves Santo e o Santo Enterro, o Venres Santo.

Entre os feitos reseñables da historia moderna da Santa Casa destaca a concesión por parte do Concello de Baiona da "Medalla de Ouro" da Vila en "...recoñecemento da súa importancia na historia da vila de Baiona, os seus feitos ao servizo do pobo, a súa importancia cultural, os seus méritos na restauración e coidado do seu patrimonio artístico e cultural, a importancia para o sector turístico da vila e o bo facer durante os seus séculos de historia."