Le 5^eme jour du mois d’avril de l’année du Seigneur 1574, réunis des membres importants de la milice, le commerce et la société de la ville de Bayonne par initiative du Capitan Rodrigo García, célèbre militaire de la Garnison de Monte Real, naissait la Confrérie de "Nuestra Señora la Madre de Dios Virgen María de la Misericordia", d'après le document fondamental et avec l’autorisation expresse de sa S.M. le Roi Felipe II. Cette Confrérie était similaire à celle fondée à Lisbonne par la Reine Doña Leonor, épouse du Roi de Portugal Juan II, d’où l’on a adopté ses statuts et son nom.

La Hermandad de la Santa Casa est née pour invoquer Sainte Isabelle, Reine de Portugal, dont l’image se conserve dans le retable principale de la chapelle.

Pareil que dans d’autres villes et villages du Royaume, ils existaient à Bayonne de diverses Confréries et Corporations: San Telmo, Espíritu Santo, Virgen del Carmen, Ánimas... et aussi celle du Corpo Santo, la plus importante et nombreuse, accordée par plusieurs Souverains Pontifes. Pourtant, depuis 1864 elles ont été toutes abolies et la seule qui a survécu, on ne sait pas pourquoi, c'est celle que l’on connaît comme "Santa Casa".

En 1999 la Hermandad de la Santa Casa de Paz y Misericordia a fêté son 425 anniversaire, étant la plus ancienne de la Galice et une des plus anciennes en Espagne.

Mais pourquoi des personnalités importantes de la ville de Bayonne ont décidé de créer au XVI^eme siècle cette confrérie?

Pendant la seconde moitié du XIV^eme siècle Bayonne constituait le point de défense le plus important du Royaume de la Galice. La forteresse de Monterreal était un bastion défensif fondamental de la monarchie de Felipe II, pas seulement dans les guerres contre les portugais mais aussi dans la contention des attaques des corsaires anglais. La flotte du pirate Francis Drake fut vaincue en 1585 –quand elle essayait de débarquer à Bayonne– par la garnison militaire de Monterreal, dirigée par M. Diego Sarmiento de Acuña, Compte de Gondomar. D’un autre côté, La Real Villa a souffert l’attaque de l’armée portugaise et une terrible peste noire, des faits qui on entraîné une diminution de la population, ce qui a posé un problème social remarquable. Dans ce contexte de pénuries continuées fut crée la "Hermandad de la Santa Casa" pour essayer de résoudre les problèmes des ressortissants de Bayonne, car les "Confrères" étaient obligés de mener à terme des Œuvres de Miséricorde, et voici la principale: ensevelir les habitants morts et n’importe quel autre forestier décédé dans la ville.

Son présidente était un "Proveedor" et conformément au Règlement: "il doit être un homme honnête, autoritaire, bien réputé, avec de habitudes humbles et avec de l'endurance pour soutenir la souffrance". En plus de ce poste principal il y avait neuf conseillers, un Écrivain et deux Majordomes. L’élection était faite le 4 de juillet chaque année, fête de Sainte Isabelle, la Reine de Portugal, et les élus prêtaient serment sur les Saints Évangiles auprès de l’Écrivain. Les missions des deux Majordomes étaient choisies le dernier dimanche de chaque mois pour agir le mois suivant.

Sur les écritures et documentes de l’époque figure qu'en 1591 cette Confrérie assiste à Ana Gómez, ressortissante de Bayonne, quand elle fut jugée, condamnée et exécutée par l’Inquisition –représentée par l’Ordre des Dominiques (qui fonderait plus tard le Couvent cloîtré de la ville)– accusée de sorcellerie, dans un des événements plus affreux de cette période.

Ultérieurement et pendant les guerres religieuses et à cause de la conquête de l'Irlande, entre les anglicans anglais et les catholiques irlandais et écossais vers la fin du XVI^eme siècle, la Confrérie aida et hébergea les exilés qui échappaient, restant beaucoup d‘entre à Bayonne, une ville qui entretenait des liens commerciaux étroits avec les ports de l'Angleterre, l'Irlande et la France.

Un de ces réfugiés fut Robert Poore prête irlandais né à Cathford et mort à Bayonne en 1595, atteignant cette homme religieux un des désirs plus souhaités par tout émigrant: être enseveli sous terre dans son pays, ce que l’on est parvenu à faire puisqu'il fut enterré sous une lapide en basalte noire en provenance de l’Irlande et avec un épitaphe qui dit “SA DE ROBERTO POORRE SACERDOTE IRLANDÉS DE GATAFOR DA l DE POPORSEL VZº DESTA VILLA 1595” et qui se conserve encore.

La Hermandad de la Santa Casa de Paz y Misericordia s’est chargé également de réaliser, depuis sa fondation, les processions de la Semaine Sainte dans la ville, parmi lesquelles survie encore la Procession des Pasos du Jeudi Saint et le Saint Enterrement, le Vendredi Sainte.

Parmi les exploits remarquables de l’histoire moderne de la Santa Casa ressort la concession de la part de la Mairie de Bayonne de la "Médaille l’Or" de la Ville comme "...reconnaissance de son importance dans l’histoire de la ville de Bayonne, ses faits au service du peuple, son importance culturelle, ses mérites dans la restauration et entretien de son patrimoine artistique et culturel, l’importance pour le secteur touristique de la ville et son savoir-faire pendant ses siècles d’histoire."