La chapelle de la Miséricorde fut édifiée par ordre de Felipe II en 1595 à l’entrée de Monterreal. En 1656 fut réédifié le centre historique de la ville, à l’endroit qui occupe aujourd’hui. Elle a une plante rectangulaire et un aspect austère. Le plus précieux se trouve à l'intérieur. Son retable baroque est présidé par un grand Christ crucifié, dont la croix est venue du Mexique chargé de monnaies d’or à l'époque où il était interdit l'envoi de ce métal, comme cadeau des habitants de Bayonne qui y habitaient pour payer les reconstructions du temple. À l’intérieur de la chapelle sont gardées également plusieurs images, comme celle du Christ des réverbères, la Vierge des Douleurs, Sainte Isabelle ou l’Immaculée.

Le temple appartient au patrimoine de la Confrérie de la Santa Casa de Paz y Misericordia, constituée en 1574 en honneur de Sainte Isabelle. Cette Confrérie, la plus ancienne de la Galice, est née avec le but de mener à terme des oeuvres de miséricorde, principalement enterrer et accompagner dans les derniers moments de leur vie les voisins et étrangers morts dans la ville. Depuis sa fondation, la Confrérie organise les célébrations religieuses de la Semaine Sainte à Bayonne.