Atribúese a fundación de Baiona a Diomedes de Etolia, fillo do fundador de Tui. Cando os romanos invadiron a mediados do século II A.C. a Península Ibérica intentaron tomar tamén Baiona, cousa que impediu o caudillo lusitano Viriato. Un século máis tarde Xullo César organizou aquí ao seu exército para expulsar aos herminios das illas Cíes.

Data clave na súa historia é o ano de 1201, cando Afonso IX de León concede á antiga Erizana o nome de Baiona e outórgalle privilexios para o comercio marítimo. Así se desvinculou do mosteiro de Oia e comezou a súa carreira para converterse nunha das vilas costeiras máis importantes de Galicia.

Polo seu valor estratéxico foi atacada no século XIV por portugueses e ingleses, conflitos que a arruínan, ata que en 1425 volve cobrar impulso cando Juan II decide que Baiona e A Coruña sexan os únicos portos galegos con capacidade para importar e exportar mercadurías.

Nese século foi tamén escenario das loitas feudais galegas, pero o seu momento glorioso chégalle ao final do mesmo, en 1493, cando arriba ao seu porto a Carabela Pinta, converténdoo no primeiro lugar de Europa que coñece o descubrimento de América. En 1497 os Reis Católicos conceden á Vila numerosos privilexios e ordenan á poboación vivir dentro da fortaleza de Monte Boi.

No século XVI, época de gran esplendor, volveu ser asediada por flotas inimigas, entre elas a do pirata inglés Drake, que foi escorrentado desta bahía polo conde de Gondomar. Nos dous séculos seguintes seguiu sufrindo ataques. Era entón o principal porto da ría de Vigo e, aínda que participou na expulsión do exército napoleónico de Vigo, nada puido facer ante a armada anglo-holandesa no afundimento dos galeóns de Rande. No século XIX deixou de exercer a súa xurisdición sobre o Val Miñor e comezou o declive do seu porto